แนวความคิดในการก่อตั้งสมาคมอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอก เริ่มจากความร่วมมือของโรงเรียนแพทย์สามสถาบัน โดยคณาจารย์ในสาขาวิชาการบริบาลผู้ป่วยนอก ภาควิชาอายุรศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล สาขาวิชาอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอกและโรงพยาบาล ภาควิชาอายุรศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และ สาขาวิชาอายุรศาสตร์ทั่วไป ภาควิชาอายุรศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของหลักการและศาสตร์ของการบริบาลผู้ป่วยนอกที่แพทย์เวชปฏิบัติทั่วไปและอายุรแพทย์ควรเรียนรู้

ในปี พ.ศ. 2556 จึงได้เกิดความร่วมมือของคณาจารย์จากทั้งสามสถาบัน แลกเปลี่ยนความคิดเห็นเกี่ยวกับหลักสูตรและแนวทางการเรียนการสอนด้านการบริบาลผู้ป่วยนอก ทั้งในระดับแพทยศาสตรบัณฑิตและการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านอายุรศาสตร์ รวมถึงได้ร่วมกันก่อตั้งหลักสูตรแพทย์ประจำบ้านต่อยอดอนุสาขาอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอก และได้ริเริ่มจัดการประชุมวิชาการประจำปีอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอกขึ้นเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2559 ณ ห้องประชุมสยามมกุฎราชกุมาร อาคารเฉลิมพระบารมี 50 ปี เพื่อเผยแพร่ความรู้ด้านการบริบาลผู้ป่วยนอกให้แก่บัณฑิตแพทย์จบใหม่ แพทย์เวชปฏิบัติทั่วไป อายุรแพทย์ รวมถึงบุคลากรทางการแพทย์ที่สนใจ

หลังจากการประชุมครั้งนั้น มีแพทย์และบุคลากรทางการแพทย์จำนวนมากได้เล็งเห็นถึงความสำคัญและให้ความสนใจในศาสตร์ของการบริบาลผู้ป่วยนอก ในปีพ.ศ. 2560 สาขาวิชาเวชศาสตร์ผู้ป่วยนอก ภาควิชาอายุรศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้เข้ามาร่วมมือกับคณาจารย์จากทั้งสามสถาบัน และร่วมกันก่อตั้งสมาคมอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอกขึ้นเมื่อวันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2560 โดย สมาคมฯ ได้ดำเนินกิจการด้านต่างๆตามวัตถุประสงค์ รวมถึงจัดการประชุมวิชาการสมาคมอายุรศาสตร์ผู้ป่วยนอก เพื่อเผยแพร่ความรู้ ความเข้าใจ ของโรคที่พบบ่อยและสำคัญในการบริบาลผู้ป่วยนอกอย่างต่อเนื่องทุกปี จนถึงปัจจุบัน